午夜探花

Institut f眉r Theoretische Informatik

Seminar Bioinformatik

础苍办眉苍诲颈驳耻苍驳

Das Seminar soll w枚chentlich stattfinden.  

Inhalt

In diesem Seminar sollen erg盲nzend zu den Bioinformatik-Vorlesungen grundlegende Themen der Bioinformatik sowie einige neuere Forschungsergebnisse vorgestellt werden. Ein Besuch der Bioinformatik-Vorlesungen ist jedoch nicht Voraussetzung f眉r das Seminar, (fast) alle Themen k枚nnen auch ohne Grundkenntnisse in Bioinformatik bearbeitet werden.

  • Biologische Einf眉hrung
  • paarweises Alignment und approximative Suche mit Dynamic Programming
  • Filteralgorithmen zur approximativen Suche
  • Suffixb盲ume und Suffixarrays mit Anwendungen
  • Lempel-Ziv Faktorisierung mit Suffixarrays
  • Longest/Heaviest Increasing Subsequence, Software-Tool MUMmer
  • Chaining Algorithmen, Software-Tool CoCoNUT
  • Komprimierte Suffixarrays, Wavelet trees
  • Neue Algorithmen auf komprimierten Suffixarrays
  • 搁狈础-厂别办耻苍诲盲谤蝉迟谤耻办迟耻谤惫辞谤丑别谤蝉补驳别
  • Suche von RNA-kodierenden Genen in Genomen mit Wavelet trees

Literatur: 

  • Zeitschriftenartikel
  • D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press, 1997.

Dozent

Prof. Dr. Enno Ohlebusch

Termine

Die Vorbesprechung zur Themenvergabe findet am 20.04.2010 um 16:00 Uhr im Raum O27/531 statt.

Weitere Informationen